Mahakam Ulu adalah Kabupaten hasil pemekaran dari Kabupaten Kutai Barat, yang sejak jaman Hindia Belanda Tahun 1900 telah dikenal dengan sebutan Onderafdeeling Boven Mahakam atau Ulu Mahakam (berdasarkan besluit van den Gouverneur – Generaal van Nederlandsch-Indie, 13 April 1900).
Dimana pada saat itu Kerajaan Kutai dibagi menjadi dua wilayah administratif yaitu Onderafdeeling Boven Mahakam dengan pusat Pemerintahan di Long Iram dan Vierkante Pall dengan pusat Pemerintahan di Samarinda.
Selanjutnya, pada tahun 1930, wilayah Kerajaan Kutai dipecah menjadi empat Onderafdeeling yakni Onderafdeeling Zuid Kutai, Onderafdeeling Oost Kutai, Onderafdeeling West Kutau, dan Onderafdeeling Boven Mahakam dengan dua Kecamatan yakni Long Iram dan Long Pahangai.
Memasuki era Pemerintahan Republik Indonesia Tahun 1946, wilayah administratif Kesultanan Kutai dimekarkan menjadi dua dengan diberi nama baru yakni Kepatihan Kutai Barat dan Kepatihan Kutai Tengah.
Tahun 1952 terjadi pemekaran wilayah dan perubahan nama dari Kepatihan menjadi Kewedanaan.
Pada jaman Orde Baru, sesuai UU no.5 Tahun 1974, menggunakan format Otonomi Daerah dengan pola Pemerintah Pusat, Pemerintah Provinsi dan Pemerintah Daerah Tingkat II/Kabupaten/Kotamadya, Mahakam ulu adalah bagian dari Kabupaten DATI II Kutai.
Ketika memasuki era Reformasi sesuai UU No. 22 Tahun 1999, wilayah DATI II Kutai dimekarkan menjadi empat Kabupaten/Kota, yakni Kabupaten Kutai Kartanegara, Kabupaten Kutai Timur, Kabupaten Kutai Barat, dan Kota Bontang.
Dengan lahirnya UU Nomor 47 Tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Kutai Barat maka wilayah eks-Onderafdeeling Boven Mahakam yang semula dua Kecamatan menjadi lima kecamatan yakni Long Iram, Long Hubung, Long Bagun, Long Pahangai, dan Long Apari. Belakangan terjadi Pemekaran Kecamatan yaitu Kecamatan Tering dan Kecamatan Laham.
Wilayah Onderafdeeling Boven Mahakam oleh masyarakat dikenal dengan sebutan wilayah Mahakam Ulu yang dimulai dari Kampung Muyub Aket hingga Kampung Long Apari.
Sejak tanggal 9 Oktober 2004 di Samarinda, melalui lima Kepala Adat Besar Kecamatan yaitu : 1. Kepala Adat Besar Kecamatan Long Iram dan Kecamatan Tering (Bapak C. Wang Long), 2. Kepala Adat Besar Kecamatan Long Hubung dan kecamatan Laham (Bapak Bit Doq), 3. Kepala Adat Besar Kecamatan Long Bagun (Bapak Luhat Luweh, Alm), 4. Kepala Adat Besar Kecamatan Long Pahangai (Bapak Belawing Belareq) dan 5. Kepala Adat Besar Kecamatan Long Apari (Bapak Belareq Kaya, Alm) membentuk Kerukunan Masyarakat Wilayah Mahakam Ulu (KMWMU) disaksikan oleh tokoh-tokoh masyarakat wilayah Mahakam Ulu, dengan misi “Memperjuangkan terbentuknya Kabupaten Mahakam Ulu dalam rangka percepatan Pembangunan yang adil dan merata”
Terpilih Ketua Umum Kerukunan Masyarakat Wilayah Mahakam Ulu (KMWMU) Periode pertama tahun 2004-2008 adalah Bapak Drs. Firminus Kunum, M.Si dengan Sekretaris Umum Bapak dr.Lukas Demo Bakiaq,MM.
Pada periode I KMWMU ini telah dibentuk Tim kajian awal dan menghasilkan Naskah tentang Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu dengan koordinator Drs. Michael Liah, M.Si, Sekretaris Benidiktus Wisdiadi, SE dengan anggota Benidiktus Jiu Hong (Alm), Drs. Asli Amin, Drs. Yohanes Hang Kueng, Drs.Simon Devung, M.Si, Petrus Ngo, SE.,MM, Drs.Y. Bayau Lung,M.Si, Ir. Vinsensius Mering, Drs. Lidjo Kaya, Mijang, SE, Edmondus AL, Bsc, A. Romen Brit, SH, Drs.Ferdinandus Hanye, Drs. Lilik Peng,M.AP, Stevanus Dehung, S.Pd.
Selanjutnya KMWMU membentuk Tim Kajian lanjutan dengan Ketua Drs. Yohanes Hang Kueng, M.Si, Wakil Ketua Ir.Vinsensius Mering, Sekretaris Benediktus Wisdiadi, SE, Anggota Luhat Juk, S.Sos, Martinus Miing, SH, Mijang, SE dan Agustinus Lejiu, S.Sos.
Seluruh hasil observasi tersebut secara resmi disampaikan kepada Bupati Kutai Barat dan DPRD Kabupaten Kutai Barat pada tanggal 16 Oktober 2007 di Datah Suling.
Berikutnya, melalui para anggota DPRD Kabupaten Kutai Barat yang berasal dari Mahakam Ulu mampu menggiring perjuangan tersebut hingga terbentuk Panitia Khusus (Pansus) di DPRD Kabupaten Kutai Barat tentang Pemekaran Kabupaten Kutai Barat sebagai Ketua Bapak Drs.Y.Juan Jenau Periode tahun 2008-2009, dilanjutkan dengan Pansus 2009-2013 dengan Ketua Bapak Drs. Y. Juan Jenau dan anggota Ir. Nyangun Alui, Moch. Japrie, Drs. Y.Lidjo Kaya,MM, Martin Hat, ST.,M.Si, dan Suharto, SP.
Pada masa ini, muncul gerakan yang dinamakan Tim 67 Tanaa Mekaam pada tanggal 31 Agustus 2007 guna membantu KMWMU yang dikoordinir oleh Drs.Ferdinandus hanye, Ding Lie,Balan Tingai dan Yosep Lie Aran (Alm).
Periode II Kepengurusan KMWMU Tahun 2008-2012, terpilih Drs.Valentinus Tingang Bavong,MM sebagai Ketua Umum dan Sekretaris Umum Veridiana Huraq Wang, S.Pd.,MM.
Pada Periode II Kepengurusan, KMWMU membentuk Presidium Percepatan Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu yang menjadi ujung tombak perjuangan Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu dengan Ketua Presidium Periode I Tahun 2008-2011 Bapak Agustinus Ding, SE dan sekretaris Bapak Drs. Y. Lidjo Kaya,MM.
Hasil yang dicapai adalah mampu menyelesaikan persyaratan sesuai PP No.78 Tahun 2007 tentang Pemekaran Daerah dan bersama Pansus Pemekaran mampu meyakinkan Pemerintah Kabupaten Kutai Barat untuk melakukan kajian dan kerjasama dengan UNAIR Surabaya terhadap kajian Independen DOB Mahakam Ulu dengan penilaian Calon Kabupaten Mahakam Ulu berada dalam kategori MAMPU.
Selanjutnya kerjasama Pemerintah Kabupaten Kutai Barat dengan Universitas Brawijaya Malang tentang kajian Independen Fisik kewilayahan dan Letak Ibukota yang hasilnya Kecamatan Long Bagun (Kampung Ujoh Bilang) mendapat penilaian tertinggi dan layak menjadi calon ibukota Kabupaten Mahakam Ulu, dengan luas 950 Ha yang dihibahkan sebagai pusat perkantoran Pemerintah Mahakam Ulu.
Seiring masa tersebut, atas perjuangan bersama keluarlah Surat Keputusan Ketua DPRD kabupaten Kutai Barat, SK Bupati Kutai Barat serta Keputusan Ketua DPRD Provinsi Kalimantan Timur dan SK Gubernur Kalimantan Timur.
Pada tanggal 15 April 2011, KMWMU membentuk Presidium Perwakilan Jakarta yang akhirnya melahirkan Pengurus Presidium II.
Presidium II ini dipimpin oleh Bapak Vincent Bobby Baing sebagai Ketua dengan Sekretaris Bapak Benediktus Wisdiadi, SE. Masa Bakti 2011 hingga terbentuk Kabupaten Mahakam Ulu.
Pada masa ini, perjuangan semakin berat, mengingat harus berhadapan dengan Pemerintah Pusat, antara lain perbaikan syarat administratif (Perbaikan SK-SK), kajian teknis, kajian Fisik Kewilayahan serta Kerjasama dengan Bakosurtanal (BIG).
Selain hal diatas, secara non teknis melakukan lobi-lobi dengan Komite I DPD RI, Komisi II DPR RI, Ditjen OTDA Kemendagri, Kemenkeu serta beberapa Kementerian terkait.
Pada tanggal 15 Juli 2011 melalui sidang Paripurna, DPD RI mengeluarkan Rekomendasi Persetujuan terhadap Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu.
Selanjutnya tanggal 14 November 2011, usulan DOB Kabupaten Mahakam Ulu secara resmi menjadi bagian pembahasan Panja DOB DPR RI setelah lolos dari Pembahasan di Badan Legislasi DPR RI.
Pada tanggal 12 April 2012, melalui sidang Paripurna, DPR RI akhirnya menyetujui Rancangan UU Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu bersama 18 DOB lainnya.
Pada tanggal 17 September 2012, dihadapan rapat Komisi II DPR RI tentang Laporan Pemerintah Atas Hasil Kajian terhadap RUU 19 DOB dinyatakan bahwa calon DOB Kabupaten Mahakam Ulu lolos untuk dibahas pada tahap I.
Tanggal 25 Oktober 2012, melalui sidang Paripurna DPR RI, DOB Kabupaten Mahakam Ulu dinyatakan belum memenuhi syarat untuk disahkan.
Selanjutnya, melalui kesepakatan antara Pansus, KMWMU dan Presidium serta para tokoh Mahakam Ulu, pada tanggal 19 November 2012 dikoordinir oleh Bapak Bonifasius Belawan Geh, SH, Bapak Vincent Boby Baing, Bapak Benediktus Wisdiadi,SE dan Hendrikus Keling, SE akhirnya DOB Kabupaten Mahakam Ulu dapat dibahas kembali pada tahap II yang dilaksanakan di Cikopo tanggal 7 Desember 2012.
Dan pada tanggal 13 Desember 2012, dalam Rapat Pengambilan Keputusan Tingkat I di DPR RI, DOB kabupaten Mahakam Ulu dinyatakan lolos Urutan pertama dari 7 DOB yang Lolos dari 14 DOB yang dibahas.
Tepat di Tanggal 14 Desember 2012, melalui Sidang Paripurna DPR RI, RUU Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu dinyatakan DISETUJUI DAN DISAHKAN menjadi UNDANG-UNDANG Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu di Provinsi Kalimantan Timur. Peristiwa ini dicatat sebagai lahirnya Kabupaten Mahakam Ulu.
Pada tanggal 11 Januari 2013, Presiden Republik Indonesia menandatangani Undang-undang Nomor 2 Tahun 2013 tentang Pembentukan Kabupaten Mahakam Ulu di Provinsi Kalimantan Timur.
Selanjutnya, perjalanan Pemerintahan di mulai pada tanggal 22 April 2013, Menteri Dalam Negeri atas nama Presiden RI meresmikan Kabupaten Mahakam Ulu bersama dengan DOB lainnya, sekaligus melantik Penjabat Bupati Mahakam Ulu, Bapak MS. RUSLAN,SH.,MH.,M.Si.
Pada tanggal 20 Mei 2013, bertempat di Kampung Ujoh Bilang, masyarakat Mahakam Ulu mengadakan Syukuran, yang dihadiri oleh Gubernur Kalimantan Timur, Bupati Kutai Barat, Walikota Samarinda, Anggota DPR RI serta beberapa Pejabat Daerah dan Pusat.
Acara Syukuran ini ditandai dengan Misa Syukur yang dipimpin oleh Munsinyiur Sului Florentinus, MSF (alm), Uskup Agung Samarinda.
Pada tanggal 7 November 2013, Penjabat Bupati Mahakam Ulu melantik Bapak Drs. Yohanes Avun, M.Si sebagai Sekretaris Daerah Kabupaten Mahakam Ulu.
Pada tanggal 18 Desember 2014, dilaksanakan Pelantikan 20 Anggota DPRD Kabupaten Mahakam Ulu hasil Pemilu Legislatif Tahun 2014.
Tanggal 21 April 2015, dilaksanakan Pelantikan Ketua DPRD pertama Kabupaten Mahakam Ulu yaitu Bapak Bonifasius Belawan Geh, SH, Wakil Ketua I DPRD Bapak Moch. Japrie dan Wakil Ketua II Bapak Drs. Y. Juan Jenau.
Tanggal 23 April 2015, dilantik Penjabat Bupati Mahakam Ulu Bapak Ir. Frederick Bit, M.Si oleh Gubernur Kalimantan Timur menggantikan Bapak MS. Ruslan, SH.,MH.,M.Si yang ikut sebagai salah satu calon Bupati Mahakam Ulu pada Pilkada I Mahakam Ulu.
Pada tanggal 9 Desember 2015, Kabupaten Mahakam Ulu, melaksanakan Pilkada Serentak dan terpilih Bapak Bonifasius Belawan Geh, SH sebagai Bupati Mahakam Ulu dan Bapak Drs.Y.Juan Jenau sebagai Wakil Bupati.
Pada tanggal 25 Januari 2016, dilantik Ketua DPRD (kedua) Kabupaten Mahakam Ulu yakni Ibu Novita Bulan, SE.,MBA menggantikan Bapak Bonifasius Belawan Geh, SH, dan Bapak Tiopilus Hanyeq, SAB.,M.Si sebagai Wakil Ketua II menggantiikan Bapak Drs. Y.Juan Jenau yang mengundurkan diri karena menjadi Paslon Bupati dan Wakil Bupati Mahakam Ulu.
Pada tanggal 17 Februari 2016, bertempat di Lamin Etam Kamtor Gubernur Kalimantan Timur di samarinda, dilaksanakan Pelantikan Bupati dan Wakil Bupati Mahakam Ulu Periode 2016-2021 oleh Gubernur Kalimantan Timur.
Selanjutnya, pada tanggal 26 Februari 2021, bertempat di Pendopo Odah Etam Kantor Gubernur Kalimantan Timur di samarinda, dilaksanakan Pelantikan Bupati dan Wakil Bupati Mahakam Ulu Periode 2021-2024 yakni Bapak Bonifasius Belawan Geh, SH dan Bapak Drs. Yohanes Avun, M.Si oleh Gubernur Kalimantan Timur.
Kabupaten Mahakam Ulu dibagi menjadi 5 kecamatan[1], dan 50 kelurahan/desa antara lain:
- Long Apari
- Long Apari
- Long Kerioq
- Long Pananeh I
- Long Pananeh II
- Long Pananeh III
- Naha Buan
- Naha Silat
- Naha Tifab
- Tiong Bu’u
- Tiong Ohang
- Long Pahangai
- Datah Naha
- Delang Kerohong
- Lirung Ubing
- Liu Mulang
- Long Pahangai I
- Long Pahangai II
- Long Isun
- Long Lunuk
- Long Lunuk Baru
- Long Pakaq
- Long Pakaq Baru
- Long Tuyoq
- Naha Aruq
- Long Bagun
- Batoq Kelo
- Batu Majang
- Long Bagun Ilir
- Long Bagun Ulu
- Long Hurai
- Long Melaham
- Long Merah
- Memahak Ilir
- Memahak Ulu
- Rukun Damai
- Ujoh Bilang
- Long Hubung
- Datah Bilang Baru
- Datah Bilang Ilir
- Datah Bilang Ulu
- Long Hubung
- Lutan
- Mata Libaq
- Memahak Teboq
- Sirau
- Tri Pariq Makmur
- Wana Pariq
- Laham
- Danum Paroy
- Laham
- Long Gelawang
- Nyaribungan
- Muara Ratah